卒業II ~Neo Generation~ は前作と同様、教師である主人公が清華女子高等学校に所属する5人のそれぞれに個性的な問題児を指導し、生徒たちを無事に卒業させる内容となっている。各生徒のもつ能力に応じてイベントの発生や卒業後の進路決定に影響を及ぼすシステムとなっている。 
前作からの続編に相当し、前作では各生徒に対し一律な指導を行うことができなかったシステムが本作で改良されている。さらに生徒の座席の位置を変更させられるようになり、それにより隣り合った生徒間での相性や座席の前後関係による指導効率が変化するようになった。また、主人公に対して生徒から抱かれる「好意」と「敬意」のパラメータが別々に設けられるようになった。本作に登場するキャラクターの名前はクレージーキャッツのメンバーに由来している。
